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液体生物燃料是以动植物为来源的燃料，产业化运作液体生态燃料主要包括生物柴油和燃料乙醇。生物柴油是以可永续生产供应的植物油脂（诸如黄豆油、菜籽油）或动物油脂为原料制取的脂肪酸甲酯，通称为生质柴油。它是经济有效的将太阳能经由植物的光合作用，而转换为动态能源，以供为柴油发动机交通车辆应用。同时它又是可再生和具有生物可分解性的植物油脂加工油品（相反地，石油系为而生物不可分解性的油品并拥有致癌性有毒成份）。
乙醇，有称为酒精，是以玉米、小麦、薯类、糖蜜或植物等为原料，经发酵、蒸馏而制成，将乙醇进一步脱水再经过不同形式的变性处理后成为变性燃料乙醇。燃料乙醇可加入汽油中作为品质改善剂（此即所谓的“乙醇汽油”）。因此，燃料乙醇不是一般的酒精，而是它的加工产品。车用的乙醇汽油是在汽油中加一定比例的变性燃料乙醇而形成的一种新型混合燃料。
研究发现，与石油相比，不同的生物燃料在温室气体减排上的作用千差万别。视生产原料和加工方法不同，一些生物燃料排放的温室气体甚至超过化石燃料。提高生物燃料产量引发的直接或间接的土地用途转变，也会产生温室气体，如将森林草场转为作物种植便释放了土壤中贮藏的碳。
近来，对生物液体燃料温室气体减排的研究很多，结论并不一致。其中比较综合的研究成果是国际能源署及粮农组织 [13] 对世界范围内生物液体燃料生产过程温室气体排放进行的评估。
生物液体燃料温室气体减排关键是如何评估副产品的替代效应近一些研究发现，为显著的分析结果差异源自副产品的分配与土地利用方式转变所导致的碳排放变化。
很多能源作物（如甘蔗、棕榈油和玉米）需要消耗较多的水才能达到商业化产量，因此除非有灌溉，否则这些作物适合生长在降雨丰富的热带地区（在巴西，雨育生物燃料作物的生产很普遍，76%的甘蔗依靠降水灌溉；美国70%的玉米产量靠降雨灌溉）。即使麻风树和水黄皮这些多年生、可在半干旱地区退化土地上生长的作物，在炎热干燥的夏季也需要一些灌溉。
