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在化石能源大量使用之前，生物能源在人类能源利用史上一直处于主导地位。即使在今天的一些发展中国家，高达90%的能源消耗仍是由生物质能供给的。随着能源危机的加重及化石燃料大量排放温室气体造成的生态环境持续恶化，许多国家开始重新关注生物能源并不同程度地实施了生物液体燃料的生产与利用促进政策。
生物液体燃料经过几年的蓬勃发展，其对环境的负效应引起了人们的关注，争论也日趋激烈，各国重新审视生物燃料政策成本以及这些政策可能产生的后果。近年来的研究表明，生物燃料生产的环境成本因原料生产与供应、转化技术等不同差异，使用生物燃料以减轻环境污染的政策目标受到越来越多学者的质疑。
能源作物种植过程与生物液体燃料加工过程产生的副产品产生的替代效应，如作为饲料处理的副产品及参与二次利用（诸如蔗渣发电、废料还田）的副产品，这些被称为是“避免了”的温室气体排放对评估结果影响。此外，能源作物大规模集约化种植导致土地利用方式发生变化，与其他农作物形成土地竞争，垦荒导致的碳排放很难纳入到这一分析体系。如果希望温室气体平衡的评估结果完整而，那么土地用途转变导致的排放数据将非常关键。
近些年生物燃料的快速发展加剧了市场对能源作物的需求，大量能源作物单一集约化生产消耗了大量农业用水，占用了大量农业用地，甚至将大量草场、森林快速转化为农田，这些均对水土资源产生了影响。
很多能源作物（如甘蔗、棕榈油和玉米）需要消耗较多的水才能达到商业化产量，因此除非有灌溉，否则这些作物适合生长在降雨丰富的热带地区（在巴西，雨育生物燃料作物的生产很普遍，76%的甘蔗依靠降水灌溉；美国70%的玉米产量靠降雨灌溉）。即使麻风树和水黄皮这些多年生、可在半干旱地区退化土地上生长的作物，在炎热干燥的夏季也需要一些灌溉。
近年来，随着生物燃料的快速发展，市场对能源作物需求远远超过了对农产品的需求，能源作物的大规模种植造成土地利用方式的转变，农田、甚至林地、草场大规模用来种植能源作物，而这种土地利用方式的转变造成的潜在影响。
