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近来，对生物液体燃料温室气体减排的研究很多，结论并不一致。其中比较综合的研究成果是国际能源署及粮农组织 [13] 对世界范围内生物液体燃料生产过程温室气体排放进行的评估。
能源作物种植过程与生物液体燃料加工过程产生的副产品产生的替代效应，如作为饲料处理的副产品及参与二次利用（诸如蔗渣发电、废料还田）的副产品，这些被称为是“避免了”的温室气体排放对评估结果影响。此外，能源作物大规模集约化种植导致土地利用方式发生变化，与其他农作物形成土地竞争，垦荒导致的碳排放很难纳入到这一分析体系。如果希望温室气体平衡的评估结果完整而，那么土地用途转变导致的排放数据将非常关键。
很多能源作物（如甘蔗、棕榈油和玉米）需要消耗较多的水才能达到商业化产量，因此除非有灌溉，否则这些作物适合生长在降雨丰富的热带地区（在巴西，雨育生物燃料作物的生产很普遍，76%的甘蔗依靠降水灌溉；美国70%的玉米产量靠降雨灌溉）。即使麻风树和水黄皮这些多年生、可在半干旱地区退化土地上生长的作物，在炎热干燥的夏季也需要一些灌溉。
